В конце войны летчик Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная мастерская японской армии. Сразу после захода солнца на базу обрушился гигантский ящер — местные жители прозвали его Годзиллой.
Коити приезжает в Токио, лежащий в руинах после бомбежек. Его родители погибли, от родного дома не осталось ничего. Он пытается начать все заново. Рядом с ним оказывается девушка, тоже оставшаяся одна. С ней — младенец, которого она вынесла из-под обстрела во время налета.
Годы идут. Постепенно жизнь налаживается. Коити входит в группу, которая занимается разминированием в водах Токийского залива. Их небольшое деревянное суденышко однажды встречает в море Годзиллу. После испытаний атомных бомб у атолла Бикини чудовище стало гораздо крупнее и опаснее.