Прошло три десятилетия с момента окончания Третьей мировой, после которой Токио лежал в руинах от ядерных ударов. На его месте вырос Нью-Токио — город, чей безупречный фасад скрывает иную реальность. Государство, управляемое железной рукой, жестоко пресекает любое инакомыслие, всё больше напоминая режимы прошлого века.
В секретных лабораториях идут эксперименты, граничащие с безумием. Учёные, подчиняясь приказам, исследуют скрытые возможности человеческой психики, стремясь создать абсолютное оружие. Во главе этих разработок стоит полковник Сикисима, чьи амбиции в области биологического оружия всё чаще приводят к столкновениям с официальными властями.
Между тем по всей стране ширится странное верование. Его последователи ждут появления существа невероятной силы — Акиры. Они верят, что только он способен вывести Японию из тупика, разрешив все её глубокие, накопившиеся проблемы. Этот культ набирает силу, становясь ещё одним непредсказуемым элементом в и без того напряжённой обстановке.